جزيرة هندورابي تتميز بمناخ جاف. متوسط هطول الأمطار السنوي فيها هو 162.9 ملم. أكبر كمية هطول تكون في شهر آذر وأقلها في شهر شهریور. أبرد شهر في السنة هو دی وأما شهر مرداد فهو أحر شهر في السنة. نسبة الرطوبة النسبية في المنطقة عالية لكنها تبلغ أعلى مستوياتها في الموسم الحار والجاف من السنة.